Okres baroku związany był także z gruntowną przebudową klasztorów cysterskich.

Pocysterski zespół klasztorny w Lądzie nad Wartą należy do najcenniejszych zabytków w kraju.  Z gotyckiego klasztoru, wzniesionego w XIV w, zachowały się mury wirydarza, sień, kapitularz, piwnice oraz oratorium św. Jakuba z cennymi freskami. Pozostałą część klasztoru przebudowano lub dobudowano w okresie baroku. W sieni, przykrytej gotyckim sklepieniem, oraz w Sali Opackiej na piętrze zachowały się freski z 1 połowy XVIII w. pędzla Adama Swacha. Budowę kościoła, poprzedzoną rozbiórką wcześniejszej świątyni, zapoczątkował w połowie XVII w. Tomasz Poncino. Późniejsze prace odbywały się według projektów Józefa Szymona Belottiego (w latach 1681-89) i Pompeo Ferrariego (1728-35).

Pocysterski  kościół św. Jana Chrzciciela w Przemęcie zbudowany został „na surowym korzeniu” w latach 1651-90. Przy budowie zatrudniony był m.in. Jerzy Catenazzi, którego dziełem jest najprawdopodobniej sklepienie świątyni. Na południe od kościoła stoi barokowy budynek, będący częścią dawnego klasztoru.

Zniszczony wojnami gotycki zespół klasztorny w Obrze odbudowano w XVIII w., nadając mu barokowy charakter. Do południowej ściany kościoła przylega jednopiętrowy budynek klasztorny z otoczonym krużgankami wirydarzem. Na terenie przyklasztornym zachowała się późnobarokowa opatówka i parterowa organistówka w tym samym stylu oraz zabudowania gospodarcze z 1 połowy XVIII w.

W Gościkowie, na zachodnim krańcu Wielkopolski, znajduje się pocysterski kościół Wniebowzięcia NMP i św. Marcina z zachowaną na zewnątrz architekturą późnobarokową. Zgodnie z cysterskim zwyczajem od południa i południowego wschodu do kościoła przylegają zabudowania klasztorne, pochodzące z XIII i XVIII w.

Pocysterski zespół klasztorny w Owińskach w obecnej formie pochodzi z początku XVIII w. Późnobarokowy kościół NMP i św. Jana Chrzciciela zbudowany został według projektu Pompeo Ferrariego z częściowym wykorzystaniem murów romańskich i gotyckich.