W XVII i XVIII w. przebudowywano i rozbudowywano także wiele świątyń gotyckich. Przykładem „zbarokizowania” świątyni jest kościół Bożego Ciała (dawniej Karmelitów Trzewiczkowych) w Poznaniu. Karmelici trzewiczkowi z Poznania byli również inicjatorami przebudowy gotyckiej kamienicy mieszczańskiej przy ul. Żydowskiej (w piwnicy której miano dokonać w 1399 r. profanacji hostii) na niewielki barokowy kościół Najświętszej Krwi Pana Jezusa.
W katedrze gnieźnieńskiej, której wnętrze utrzymane jest w stylu gotyckim (regotyzowane po zniszczeniach wojennych), w XVII i XVIII w. znacznie przebudowano kaplice przylegające do obejścia i naw bocznych. Zamurowano gotyckie arkady, a w ich miejscu zbudowano nowe, barokowe portale. Wejścia do kaplic zamykają monumentalne kraty (w stylach od gotyku przez renesans do baroku). Również wyposażenie kaplic (ołtarze, stalle, nagrobki), choć w dużej mierze barokowe, stanowi przegląd różnych stylów.
W XVII i XVIII w. przebudowano katedrę poznańską i nadano jej formy barokowe. Po wojennych zniszczeniach w regotyzowanej katedrze zrekonstruowano barokowe hełmy wież, również ocalałe boczne kaplice zachowały wyposażenie, które otrzymały w okresie baroku.
Zniszczoną w wyniku katastrofy budowlanej późnogotycką kolegiatę (obecnie bazylikę mniejszą) Wniebowzięcia NMP w Kaliszu odbudowano pod koniec XVIII w. w stylu późnego baroku. Poszerzono ją i dodano kopułową kaplicę św. Józefa z późnobarokowym ołtarzem i obrazem Świętej Rodziny. Rokokowe ołtarze boczne oraz obramowanie chrzcielnicy wykonał przypuszczalnie kaliski rzeźbiarz Franciszek Eytner. W gotyckim kościele (obecnej katedrze) św. Mikołaja w Kaliszu znajduje się barokowy ołtarz główny z kopią obrazu Piotra Pawła Rubensa Zdjęcie z krzyża z 1620 r.
W Kole w 2 połowie XVIII w. odbudowano zniszczony wylewami Warty XV-wieczny zespół klasztorny Bernardynów. Późnobarokowy kościół Nawiedzenia NMP, powstały w latach 1773-82, ma rokokowe wyposażenie: ołtarze, stalle zakonne, konfesjonały, ambonę.
Pod koniec XVII w. zwrot ku barokowi nastąpił także w sakralnej architekturze drewnianej.
