Liczne niepowodzenia i wojny, jakie w następnych latach spadły na kraj, boleśnie dotknęły Gniezno. W 1038 r. zostało spustoszone przez najazd Brzetysława I. Za panowania Kazimierza Odnowiciela miasto powoli dźwignęło się z ruin, lecz nie odzyskało już dawnej świetności. Przeniesienie ośrodka władzy politycznej do mniej zniszczonego Krakowa miało decydujący wpływ na dalsze losy miasta. W 1076 r. koronował się w Gnieźnie Bolesław Śmiały.
W 1238 r. lub na początku 1239 r. Gniezno otrzymało prawa miejskie od Władysława Odonica. Lokowano je na Wzgórzu Panieńskim, z centrum w miejscu dzisiejszego Rynku. Zapewne w końcu XIII lub w połowie XIV w. miasto zostało otoczone murami, w których znajdowały się trzy bramy. Wzgórze Lecha znalazło się poza ich obrębem, stając się miejscem rezydowania arcybiskupa i kapituły.
W 1295 r., po 219-letniej przerwie, odbyła się w katedrze gnieźnieńskiej koronacja króla Przemysła II. Był to doniosły etap na drodze zjednoczenia Polski. W 1300 r. koronował się w Gnieźnie Wacław II. Miasto było w XIV i XV w. poważnym ośrodkiem kulturalnym. W końcu XIV w. archidiakon Janko z Czarnkowa napisał tutaj swoją Kronikę – największe osiągnięcie historiografii polskiej przed Długoszem.
Do XVI w. Gniezno należało do najznaczniejszych miast polskich. W XVI i XVII w. bogaciło się na handlu ze Wschodem, głównie skórami i futrami. Niektóre towary docierały tu aż z Syberii. W latach 1768–93 Gniezno było miastem wojewódzkim. Pod koniec XIX w. stało się znaczącym ośrodkiem walki z naporem germańskim. W grudniu 1918 r. Gniezno jako jedno z pierwszych miast w Wielkopolsce odzyskało niepodległość i stało się głównym punktem dowodzenia na północno-wschodnim odcinku Powstania Wielkopolskiego. W 1945 r. miasto uniknęło zniszczeń, ucierpiała tylko katedra.
Dziś miasto należy do najznaczniejszych miast Wielkopolski. Gniezno stanowi również ważny węzeł kolejowy i drogowy. To także ważny ośrodek przemysłowy: m.in. nowoczesna fabryka baterii (ogniw alkalicznych), fabryka maszyn pakujących, zakłady przemysłu metalowego, odzieżowego, spożywczego, okien dachowych. Szkolnictwo reprezentują: Państwowa Wyższa Szkoła Zawodowa, Kolegium Europejskie Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza, Prymasowskie Wyższe Seminarium Duchowne, Gnieźnieńska Wyższa Szkoła Humanistyczno-Menedżerska „Milenium”, kilka szkół średnich.
Historyczną rangę Grodu Lecha podniosły obchody istotnych nie tylko w skali kraju rocznic: 1000-lecia śmierci św. Wojciecha i 1000-lecia Zjazdu Gnieźnieńskiego. W 1997 r. po raz wtóry (pierwszy raz w 1979) odwiedził Gniezno Ojciec Święty Jan Paweł II, który spotkał się tu m.in. z prezydentami siedmiu państw Europy: Czech, Litwy, Niemiec, Polski, Słowacji, Ukrainy i Węgier. W 1000. rocznicę wizyty w Gnieźnie Ottona III, 12 marca 2000 r. odbyło się kolejne spotkanie prezydentów, na które przybyły głowy państw z Litwy, Niemiec, Polski, Słowacji i Węgier oraz legat papieski Angelo Sodano. W dniu 28 kwietnia tegoż roku do Gniezna przybyli premierzy czterech państw: Czech, Polski, Słowacji, Węgier oraz kanclerz Niemiec.
