W polskiej tradycji szczególnie silna jest opinia o dawnej Rzeczypospolitej, która była „państwem bez stosów” – krajem, w którym nie szykanowano osób o odmiennych przekonaniach religijnych. Rzeczywiście, Polska w XV i XVI w. jawi się jako kraj tolerancji i w zasadzie dopiero za rządów Zygmunta III Wazy i Władysława IV, po sprowadzeniu zakonu jezuitów, rozpoczęło się prześladowanie innowierców – wyznawców religii protestanckich.

Szczególnie silny był w Polsce kalwinizm, bardzo popularny wśród szlachty, oraz luteranizm, rozpowszechniony także wśród mieszczan. W Wielkopolsce ważnymi ośrodkami ruchu innowierczego były Poznań i Leszno. W stolicy Wielkopolski luteranie znajdowali oparcie w rodzinie Górków, a w ich pałacu przy ul. Wodnej regularnie odbywały się synody tego wyznania. Leszno to silny ośrodek braci czeskich, najsłynniejszymi zaś przedstawicielami protestantyzmu byli tam Jan Amos Komeński (1592-1670) i Jan Jonston (1603-75).

W okresie kontrreformacji do Polski zaczęli ściągać innowiercy z innych krajów, wygnańcy, ludzie pozbawieni możliwości działania lub obawiający się o własne życie. Szczególnie wielu przybyło z Czech. Wśród nich był wspomniany Jan Amos Komeński (Komenský), pedagog, filozof i poeta, członek Jednoty braci czeskich, wychowanek m.in. uniwersytetu w Heidelbergu.

Pozbawiony możliwości pracy i działania w ojczystych stronach, za zgodą Rafała Leszczyńskiego w 1625 r. osiadł w Lesznie – mieście, które wkrótce stało się jednym z najsilniejszych ośrodków braci czeskich. Komeński objął stanowisko najpierw nauczyciela, a potem rektora miejscowego gimnazjum i aktywnie zajął się swymi badaniami. Tutaj powstał ogromnie w owym czasie popularny podręcznik do nauki łaciny Ianua linguarum reservata oraz podręczniki do fizyki i astronomii.

W Lesznie też powstała Didactica magna, największa praca pedagogiczna Komeńskiego, w której m.in. sugerował nauczanie podstawowe uczniów w języku ojczystym, a dopiero na średnim szczeblu wprowadzenie lekcji łacińskich. Pisał i tłumaczył na język polski wiele wierszy, był również autorem sztuk teatralnych granych na szkolnej scenie. W Lesznie Komeński stworzył też teorię filozoficzną, zakładającą przebudowę świata w duchu powszechnego pokoju, równości i wolności.

Około 1635 r. uczony został rektorem połączonych szkół – luterańskiej i braci czeskich. Po śmierci Rafała Leszczyńskiego znacznie pogorszyły się warunki innowierców w Lesznie. Komeński zaczął wtedy podróżować do Anglii i Szwecji, przez czas jakiś mieszkał w Elblągu. W 1648 r. wrócił jednak do Leszna, dalej kierował tu gimnazjum i pisał podręczniki.

Związał się z kręgami protestanckimi Szwecji i Siedmiogrodu, przeciwnymi królowi Janowi Kazimierzowi. Gdy w 1655 r. do Rzeczypospolitej wkroczyły wojska szwedzkie, Komeński napisał wiernopoddańczy list do króla Karola Gustawa, co sprawiło, że gdy w następnym roku Leszno zostało zdobyte przez oddziały polskie, musiał uciekać z miasta i z Polski – już na zawsze. Osiadł w Amsterdamie, gdzie do końca życia oskarżał Polaków o nietolerancję.

Dziś niektórzy historycy próbują usprawiedliwiać jego postawę wobec Polski. Niezależnie od wyników tych poczynań trzeba stwierdzić, że okres pobytu Komeńskiego w Lesznie był czasem jego największych sukcesów i osiągnięć naukowych, tutaj też powstały najtrwalsze dzieła jego życia.