Utworzenie przez władze hitlerowskie na przełomie października i listopada 1939 r. nowej jednostki administracyjnej – Kraju Warty (Reichsgau Wartheland) – zapoczątkowało szykanowanie ludności polskiej, a z czasem też jej eksterminację. Cały okres okupacji związany był z narastającymi utrudnieniami. Wprowadzono godzinę policyjną, zarządzono także nakaz pracy dla wszystkich mieszkańców od 14. roku życia, realizowany zarówno w Wielkopolsce, jak i w głębi Rzeszy. Obowiązywało też używanie języka niemieckiego w urzędach i szkołach, a szkolnictwo polskie zostało niemal całkowicie zlikwidowane.
Eksterminacja dotknęła początkowo środowiska inteligenckie i patriotyczne, kręgi polskich działaczy narodowych i elity przywódcze. Specjalne grupy niemieckiej Policji Bezpieczeństwa dokonywały aresztowań na podstawie list przygotowanych jeszcze przed wybuchem wojny. Więźniów przeważnie zatrzymywano w charakterze zakładników. Część z tych osób zginęła w październiku i listopadzie 1939 r. w wielkiej fali publicznych egzekucji przeprowadzonych w całej Wielkopolsce, najczęściej na rynkach miast. Już w październiku powstał obóz karno-śledczy w Forcie VII przy al. Polskiej w Poznaniu, gdzie przetrzymywano więźniów niemieckiej tajnej policji państwowej, wykonywano tam też wyroki śmierci.
Osobny areszt znajdował się w poznańskiej siedzibie gestapo, w Domu Żołnierza przy ul. Niezłomnych. Więźniów przetrzymywano też w gmachu przy ul. Młyńskiej, gdzie wykonywano wyroki śmierci przez ścięcie na gilotynie. Później w Żabikowie pod Poznaniem utworzono osobny obóz, w którym warunki przypominały realia obozu zagłady; osadzano tu więźniów, wykonywano wyroki śmierci, kierowano tam również Polaków na „reedukację”. Obóz zagłady, przeznaczony przede wszystkim do eksterminacji ludności żydowskiej, znajdował się w Chełmnie nad Nerem (powiat kolski). Odmienny charakter miały obozy jenieckie, zlokalizowane m.in. w Poznaniu i Ostrzeszowie.
Ponurą sławę zyskał sobie niemiecki pseudonaukowiec – Hermann Voss, profesor anatomii z Uniwersytetu Rzeszy w Poznaniu, dokonujący podejrzanych doświadczeń w gmachu przy ul. Śniadeckich, gdzie też było krematorium spalające szczątki skazańców.
Inną formą prześladowania ludności polskiej były wysiedlenia. Lokatorzy mieszkań przewidzianych do zajęcia przez osadników pochodzenia niemieckiego (głównie z Łotwy i Estonii, tzw. Baltendeutsche) musieli je opuścić, zabierając z sobą jedynie ściśle określoną wagowo ilość przedmiotów codziennego użytku. W Poznaniu wysiedlone rodziny umieszczane były w obozie na Głównej, a następnie wywożone pociągami do Generalnego Gubernatorstwa, najczęściej w okolice Kielc i Ostrowca Świętokrzyskiego.
Działalność związaną z eksterminacją i prześladowaniami ludności polskiej oparto na hitlerowskich przesłankach ideologicznych, których gorliwym wykonawcą był namiestnik Rzeszy i gauleiter NSDAP, Arthur Greiser, po wojnie osądzony w Poznaniu, skazany i publicznie stracony za zbrodnie wojenne. W samym tylko Poznaniu w okresie okupacji zginęło blisko 14,5 tys. osób, z tego 6320 stracono po wyrokach śmierci, a 6330 zginęło w więzieniach i obozach koncentracyjnych.
