Okupacja hitlerowska na ziemiach polskich, które w 1939 r. włączono do Rzeszy (m.in. w Wielkopolsce), miała zupełnie inne podstawy prawne i organizacyjne niż w Generalnym Gubernatorstwie. Odmienne były tu proporcje ludnościowe, zmienione masowymi wysiedleniami rodzin polskich i sprowadzaniem osadników niemieckich z innych części wschodniej Europy, odmienne realia administracyjne, a nawet warunki terenowe. W Wielkopolsce niemożliwy był rozwój konspiracji na taką skalę, jak w Polsce centralnej, nie mówiąc już o zgrupowaniach partyzanckich i walce zbrojnej.
A jednak polskie organizacje konspiracyjne działały, choć w nieco inny sposób. Mniej były nastawione na czynną walkę zbrojną, bardziej zaś na wywiad, zbieranie informacji, na sabotaż. W Wielkopolsce już od początków okupacji zaczęto formować organizacje podziemne, które w marcu 1940 r. utworzyły Wojskową Organizację Ziem Zachodnich, z kpt. Leonem Kmiotkiem na czele. Jej członkowie zajmowali się publikowaniem prasy podziemnej i działalnością sabotażową. Niekiedy organizowano akcje propagandowe mające podtrzymać na duchu społeczeństwo polskie, jak np. zawieszenie biało-czerwonej flagi na kopule dawnego gmachu Komisji Kolonizacyjnej przy ul. Fredry w marcu 1940 r.
Od początku 1940 r. w Poznaniu działały agendy Związku Walki Zbrojnej, kierowane przez płk. Rudolfa Ostrihansky’ego. Powołano wtedy m.in. Związek Odwetu, w którego struktury wchodziła grupa konspiracyjna kierowana przez dr. Franciszka Witaszka. W lutym 1942 r. przeprowadzono w Poznaniu udaną akcję podpalenia niemieckich magazynów w porcie rzecznym (tzw. akcja „Bollwerk”).
Po utworzeniu Armii Krajowej w Wielkopolsce działała Komenda Obszaru Zachodniego AK, której podlegało dziewięć inspektoratów: Poznań, Ostrów Wielkopolski, Środa Wielkopolska, Leszno, Gniezno, Wągrowiec, Nowy Tomyśl, Szamotuły i Krotoszyn. W styczniu 1944 r. gestapo dokonało rozbicia sztabu Okręgu Poznańskiego AK; aresztowany został też komendant tej organizacji, płk Henryk Kowalówka. Również w terenie działało szereg mniejszych, lokalnych organizacji konspiracyjnych.
Największą bolączką tych ośrodków była niedostateczna ilość broni i środków łączności, których nie były w stanie wyrównać zrzuty z Anglii. Niestety, polskie organizacje podziemne w regionie były dość dokładnie rozpracowane przez hitlerowski aparat ścigania i większość z nich dość szybko rozbito aresztowaniami. W Wielkopolsce powstała koncepcja tworzenia konspiracyjnej organizacji Szare Szeregi, stąd też (konkretnie z Górzyc k. Czempinia) pochodził naczelnik tej organizacji Florian Marciniak.
Najbardziej znanym polskim zespołem konspiracyjnym w latach okupacji hitlerowskiej była grupa kierowana przez dr. Franciszka Witaszka. W jej skład wchodzili lekarze i laboranci, którzy przygotowywali materiały potrzebne do sabotażu, wśród nich substancję toksyczną powodującą uruchomienie procesu chorobowego prowadzącego do śmierci. Środek ten wykorzystywano do likwidacji urzędników niemieckich i funkcjonariuszy gestapo, szczególnie groźnych dla polskiego ruchu oporu.
Laboranci wyrabiali też substancje powodujące korozję oraz bomby termitowe używane do wywoływania pożarów w transportach niemieckich. W kwietniu 1942 r. grupa dr. Witaszka została zdekonspirowana i niemal wszyscy jej członkowie aresztowani przez gestapo. Po ciężkim śledztwie zostali straceni 8 I 1943 r. Ich ciała spopielono, natomiast głowy przez trzy kolejne lata służyły jako „eksponaty” słuchaczom Uniwersytetu Rzeszy w Poznaniu. Po II wojnie światowej niektóre z nich zidentyfikowano (Franciszka Witaszka, Henryka Günthera, Soni Górznej i Heleny Siekierskiej) i uroczyście pochowano na stokach poznańskiej Cytadeli.
Konspiracja w Wielkopolsce nie była w stanie rozwinąć szerszej działalności, gdyż Niemcy intensywnie infiltrowali polski ruch oporu. W rezultacie żywot polskich organizacji konspiracyjnych nie był długi. Taki los spotkał m.in. Narodową Organizację Wojskową, Wojskową Organizację Ziem Zachodnich, gostyński Czarny Legion, Tajną Organizację Wojskową w Ostrowie Wielkopolskim i działającą od 1940 r. w Kaliszu Organizację Jedności Narodowej. W Środzie działała Obrona Narodu, tworzono polskie organizacje niepodległościowe w Lesznie, Mogilnie, Rawiczu i Jarocinie. Większość z nich z czasem podporządkowała się większym strukturom, zwłaszcza Armii Krajowej. Ich działalność była jednak inna, związana ze znacznie trudniejszymi w owym czasie warunkami niż na pozostałych ziemiach polskich.
