Die Nazibehörden gründeten Ende Oktober, Anfang November 1939 eine neue Verwaltungseinheit – den Reichsgau Wartheland – und begannen, die polnische Bevölkerung zu schikanieren und mit der Zeit auch auszurotten. Je länger die Besetzung dauerte, desto größer wurden die Erschwernisse. Die Behörden führten die Polizeistunde und den Arbeitszwang für alle Einwohner ab dem 14. Lebensjahr ein. Die Zwangsarbeit war sowohl in Wielkopolska als auch im Reich abzuleisten. In den Ämtern und in den Schulen musste die deutsche Sprache gesprochen werden. Das polnische Schulwesen wurde fast vollständig liquidiert. 

Die Ausrottung betraf anfänglich die Intelligenz, patriotische Kreise, Kreise polnischer Nationalisten und die Führungseliten. Sondereinheiten der Sicherheitspolizei nahmen Verhaftungen anhand von Listen vor, die schon vor Kriegsausbruch erstellt worden waren. Die Gefangenen wurden meist als Geisel in Haft gehalten. Ein Teil dieser Personen kam im Oktober und November 1939 in einer großen Welle öffentlicher  Hinrichtungen, die in ganz Wielkopolska meist auf den Märkten der Städte durchgeführt wurden, ums Leben.  

Bereits im Oktober entstand ein Strafverfolgungslager im Fort VII in Poznań, wo die Häftlinge der Gestapo gefangen gehalten wurden, dort wurden auch Todesurteile vollstreckt. Später wurde in Żabikowo bei Poznań ein gesondertes Lager eingerichtet, in dem die Bedingungen denen eines Vernichtungslagers glichen; hier wurden Häftlinge eingesperrt, Todesurteile vollstreckt, auch wurden Polen zur „Umerziehung“ hierher gebracht. Ein vor allem für die Ausrottung der jüdischen Bevölkerung bestimmtes Vernichtungslager befand sich in Chełmno am Ner (Kreis Koło). In Poznań wurden die ausgesiedelten Familien in einem Lager im Stadtteil Główna untergebracht und dann mit Zügen ins Generalgouvernement deportiert, meist in die Region Kielce und Ostrowiec Świętokrzyski.