Nawa główna
Kiedy podjęto decyzję o regotyzacji katedry, usunięto barokowy ołtarz główny, a w jego miejsce wstawiono ołtarz gotycki. Jest to pentaptyk wykonany w 1512 r. przez „Mistrza z Góry Śląskiej”. Przez większą część roku liturgicznego pozostaje on z otwartymi skrzydłami bocznymi przedstawiając w środkowej części rzeźbione postacie Najświętszej Marii Panny, św. Barbary i św. Katarzyny, a na skrzydłach dwanaście postaci świętych niewiast. W okresie Wielkiego Postu wewnętrzne skrzydła boczne są zamykane i można wtedy zobaczyć osiem malowanych scen pasyjnych. Całkowicie zamknięty ołtarz z widocznymi malowanymi postaciami świętych Jana Chrzciciela, Jana Ewangelisty, Hieronima i Krzysztofa można zobaczyć od liturgii Wielkiego Piątku do mszy rezurekcyjnej, w czasie której ołtarz jest ponownie otwierany. W predelli ołtarza znajduje się pełnoplastyczna scena Ostatniej Wieczerzy. Wystroju prezbiterium dopełniają późnogotyckie stalle sprowadzone ze Zgorzelca oraz barokowa ambona z Milicza.
Po katedrze wawelskiej, która jest największą nekropolią królów polskich, kolejne miejsce zajmuje katedra poznańska. Upamiętnia to napis w posadzce nawy głównej, w którym wymienieni są polscy władcy pochowani w Poznaniu. Bliżej prezbiterium umieszczono płytę poświęconą pamięci biskupa Jordana.
Witraże zostały zaprojektowane przez Wacława Taranczewskiego, a wykonano je w znanej pracowni Stanisława Powalisza i jego córki Marii Powalisz-Bardońskiej.
Organy zostały wykonane w 2000 r. przez Jana Drozdowicza.
Pod chórem warto zwrócić uwagę na dwa XVI-wieczne renesansowe nagrobki rodziny Przecławskich. Pochodzą one ze zniszczonego kościoła w podpoznańskiej Chojnicy. Ich wyjątkowość polega na tym, że napisy na nich wykonano w języku polskim, a nie jak nakazywała ówczesna moda po łacinie.
Nawy boczne
Zwiedzanie kaplic bocznych zaczniemy od lewej strony i omówimy tylko kilka najciekawszych.
Kaplica św. Marcina
W ołtarzu kaplicy umieszczono XVII-wieczny obraz „Wjazd św. Marcina do Amiens” namalowany przez Krzysztofa Boguszewskiego — proboszcza parafii św. Wojciecha w Poznaniu. Przedstawiono tutaj scenę, w której Marcin, jako rzymski legionista dzieli się z napotkanym żebrakiem swoim żołnierskim płaszczem. W górnej części obrazu widać Chrystusa w otoczeniu aniołów okrywającego się marcinowym płaszczem. Zgodnie z ówczesną modą święty Marcin posiada rysy królewicza Władysława Wazy, a jadący za nim jeździec w złotej zbroi to król Zygmunt III Waza. Legenda świętego Marcina jest żywa w Poznaniu do dnia dzisiejszego. Co roku w dniu 11 listopada, kiedy przypada odpust parafii świętomarcińskiej, obchodzone są imieniny najważniejszej poznańskiej ulicy Święty Marcin (a nie świętego Marcina!). Po sumie odpustowej wyrusza pod zamek cesarski kolorowy korowód, na czele którego jedzie święty Marcin na koniu. W tym dniu otrzymuje on od prezydenta klucze do miasta i jest to sygnałem do rozpoczęcia wielkiej zabawy. Sprzedaje się wtedy tradycyjne poznańskie rogale świętomarcińskie.