Wyposażenie wnętrza w przeważającej części jest późnorenesansowe i wczesnobarokowe z lat 1629-1642.
Ogromny, wczesnobarokowy ołtarz główny z około 1640 r. posiada bogatą ornamentykę. Części boczne podtrzymywane są przez 4 wielkie anioły-kariatydy (około 240cm wysokości każdy). W polu głównym znajduje się obraz „Zdjęcie z krzyża” flamandzkiego malarza Artusa Wolfforta z 1639 r. Płótno to przez wiele lat przypisywano warsztatowi Rubensa. Ponad nim, wtórnie umieszczona w ołtarzu „Stygmatyzacja św. Franciszka” z drugiej połowy XVII w.
Po obu stronach ołtarza głównego, wzdłuż ścian prezbiterium umieszczone są renesansowe, dębowe stalle z 1641 r. Wykonał je bernardyn z Poznania – brat Hilarion, który umieścił na nich swój, nie rzucający się w oczy wizerunek (po prawej stronie). Stalle te nie posiadają zbyt ozdobnej snycerki. O ich wyjątkowości stanowi bogata dekoracja wykonana w technice intarsji. Można zobaczyć tu liczne motywy roślinne, zwierzęce, groteskowe, sceny polowań, wazony. Prawdopodobnie brat Hiparion był autorem również późniejszej od stalli ławy kolatorskiej (dla rodziny właścicieli ziemi, na której stał kościół) znajdującej się na narożniku nawy głównej i prawego ramienia transeptu. Wybór motywów został na nich wzbogacony o wyobrażenia świętych patronów poszczególnych członków rodu Opalińskich, postacie i sceny mitologiczne oraz herby.
Po lewej stronie w stalle wkomponowany został portal drzwi do zakrystii. Również na lewej ścianie prezbiterium zawieszone zostały portrety trumienne z XVII i XVIII w. (jeden z nielicznych kościołów w Polsce, w którym można je oglądać).
Po tej same stronie, przy skrzyżowaniu prezbiterium z transeptem umieszczona została wczesnobarokowa ambona z połowy XVII w. (zapewne przebudowana w XIX w.), która pierwotnie znajdowała się przy przeciwległym filarze. Po przeciwnej stronie znajduje się wczesnobarokowy ołtarz matki Boskiej Szkaplerznej z tego samego okresu, co ołtarz główny. W centrum umieszczono obraz Maryi Niepokalanej. Jest możliwe, iż do tego płótna pozowała któraś z panien Opalińskich. Najstarszym zabytkiem w kościele jest, usytuowany w lewym ramieniu transeptu, późnorenesansowy ołtarz Matki Boskiej Niepokalanej z 1629 r. Jest on wykonany w formie tryptyku z 3 obrazami Krzysztofa Boguszewskiego: „Madonna na smoku” w części środkowej oraz „Św. Ludwik Andegaweński” i „Św. Bonawentura” po bokach. W prawym ramieniu transeptu podobnie usytuowany został wczesnobarokowy ołtarz świętej Anny z 1642 r., którego ornamentyka nawiązuje do ołtarza głównego. Środek ołtarza zajmuje obraz „Św. Anna Samotrzecia” wykonany przez malarza cechowego lub zakonnika. W tle zobaczyć można bryłę sierakowskiej świątyni bernardynów, jeszcze bez późniejszych wież. Dwa ostatnie ołtarze kościoła umieszczone przy szczytowych ścianach transeptu pochodzą z późniejszych czasów. To późnobarokowe ołtarze: św. Antoniego po lewej stronie (1730 r.) i świętego Krzyża po prawej (1731 r.), obydwa z dużymi zwieńczeniami w kształcie glorii.