Usytuowany w prezbiterium neogotycki ołtarz główny powstał w latach 20-tych XX w. W jego części centralnej znajduje się rzeźba Chrystusa ze świętymi Piotrem i Pawłem po bokach. W 1938 r. ołtarz został zmieniony i pozłocony zgodnie z projektem J. Mehoffera. W apsydzie ponad ołtarzem powstała monumentalna polichromia z wyobrażeniem Chrystusa Króla ustanawiającego Najświętszy Sakrament. Z boków ołtarza, nad biforiami umieszczone są symbole 4 ewangelistów. Na ścianach bocznych prezbiterium znajdują się 4 sceny o tematyce ewangelicznej: „Chrystus Oblubieniec” i „Chrystus Dobry Pasterz” na ścianie północnej oraz „Chrystus Pielgrzym” i „Chrystus Ogrodnik” na ścianie południowej. Wyobrażeniami tymi Mehoffer nawiązał do stylu rzymskiego malarstwa katakumbowego. W prezbiterium znajdują się również 4 witraże o tematyce maryjnej: Matka Boska Gromniczna, MB Bolesna w ścianie północnej oraz MB Różańcowa i Zwiastowanie na ścianie południowej. W niższych partiach ścian przeważa motyw „wiecznego węzła” – symbolu nieskończoności Boga. Ciekawe zestawienie z nimi tworzy zegar, stojący w niszy, po północnej stronie ołtarza. Na sieciowym sklepieniu prezbiterium wyobrażone zostało niebo z postaciami 48 aniołów.
Po obydwóch stronach z prezbiterium sąsiadują kaplice boczne. W kaplicy północnej umieszczony jest gotycki krucyfiks z XV w. ,pochodzący pierwotnie z belki tęczowej, wtórnie z ołtarza w rozebranym kościele św. Jana Chrzciciela. Również i on został odrestaurowany według wskazówek J. Mehoffera. Z planowanego umeblowania świątyni, przed wojną udało się zrealizować jedynie dwie drewniane stalle. Ich ornamentyka nawiązuje do motywów zaobserwowanych przez Mehoffera na drzwiach staromiejskich kamieniczek. Stalle przeznaczone do prezbiterium usytuowane są obecnie kaplicach bocznych. Witraże w obydwóch kaplicach pełnią głównie funkcje dekoracyjne. Różnią się jedynie motywami w medalionach umieszczonych w górnej części okien. W kaplicy północnej są to Wieża Dawidowa i Stolica Mądrości, w południowej – Arka Przymierza i Brama Niebieska.
Znajdujący się w południowym ramieniu transeptu ołtarz Matki Boskiej Częstochowskiej zaprojektowany został w początkowej fazie zagospodarowywania wnętrza świątyni. Również i on został zmieniony według planów Mehoffera. Od 1936 r. w jego centrum umieszczony jest obraz Matki Boskiej Częstochowskiej autorstwa Mehoffera. Przed wprowadzeniem do wnętrza kościoła Najświętszego Serca Pana Jezusa został on poświęcony na Jasnej Górze przez legata papieskiego, kardynała Franciszka Marmaggiego. Obraz namalowany jest na blasze miedzianej, złoconej w ogniu i polerowanej. Początkowo do zasłaniania obrazu Matki Boskiej służył inny obraz J. Mehoffera – św. Stanisław Kostka. W drugim ramieniu mieści się ołtarz św. Józefa z 1927 r. W 1939 r. powstał projekt dostosowujący go do całości wnętrza, jednak wybuch wojny uniemożliwił realizację tego przedsięwzięcia. Zmiany wprowadzone zostały w 1948 r. Pośrodku ołtarza znajduje się figura św. Józefa, a po jego bokach Pokłon Trzech Króli i św. Stanisław po lewej stronie, a po prawej – Święta Rodzina oraz św. Wojciech. Obydwa ołtarze zostały pozłocone dzięki temu współgrają z malaturą ścian i filarów. Dominują tu wyobrażenia aniołów, motywy roślinne i Wiecznego Ognia. W ślepych arkadach – blendach, przedstawione zostały cztery malowidła polowych „Ołtarzy Litanii Matki Bożej”. Witraże w prezbiterium są autorstwa Stanisława Powalisz z Poznania i powstały w latach 1954 – 1959.
