Największy kościół lewobrzeżnego Poznania znajdował się niegdyś w jego południowo-wschodniej części. Gdy w 1253 r. książę Przemysł I dokonał lokacji miasta, zaszła potrzeba ustalenia miejsca również dla głównej świątyni; przemawiały za tym zarówno względy obronne, jak i wygoda mieszkańców.
Przyjmuje się, że ów kościół w gotyckiej, ceglanej wersji powstał dopiero w 1388 r., w miejscu innego, masywnego, wystawionego ok. 10 lat po założeniu miasta. Owa kolegiata, nosząca wezwanie św. Marii Magdaleny, była głównym kościołem miasta. W 1447 r. strawił ją pożar, a po odbudowie z niewielkimi zmianami przetrwała przez 300 kolejnych lat.
Kolegiata św. Marii Magdaleny stała się nekropolią patrycjatu poznańskiego. Tu chowani byli burmistrzowie miasta; w specjalnie zamówionym sarkofagu spoczął słynny lekarz Józef Struś. Świątynia była świadkiem wielu wzniosłych i smutnych chwil w życiu miasta, stale też ją ozdabiano. W jej trzech nawach było ponad 50 ołtarzy. Najbardziej charakterystycznym elementem kościoła była wieża – duma i chluba miasta, kilkakrotnie przebudowywana (w XVI w. m.in. przez budowniczego ratusza Jana Baptystę Quadro). Charakterystyczny, rozczłonkowany szczyt wieży przez dziesięciolecia był elementem rozpoznawczym w panoramie miasta. Z czasem jednak stała się ona przyczyną zagłady całej budowli.
Ten wyjątkowo bogato wyposażony kościół uległ dewastacji w czasie „potopu” szwedzkiego, a w 1677 r. strawił go pożar. Nie wrócił już nigdy do dawnej świetności, ale nadal zachował czołową pozycję w mieście. Kolejny cios kolegiacie zadał wielki pożar w 1776 r., spowodowany uderzeniem pioruna w wieżę. Wnętrze świątyni spłonęło wtedy niemal doszczętnie. W następnym roku doszło do kolejnej katastrofy: w czasie odbudowy zapadł się jeden z filarów, powodując zawalenie się całego sklepienia.
W 1780 r. następny pożar odebrał nadzieję na szansę odbudowy kościoła. Nabożeństwa przeniesiono do sąsiedniego kościoła św. Stanisława, który przejął funkcję kościoła farnego. Przez wiele kolejnych lat ruina służyła za miejsce zabaw dzieci i schronienie dla włóczęgów. Do dziś zachowały się ryciny Karola Albertiego z ok. 1795 r., przedstawiające widok wnętrza zrujnowanych naw.
Władze miejskie usiłowały odbudować świątynię, zwłaszcza że zachowane mury dawały szansę powodzenia przedsięwzięcia. Jednak władze pruskie wyraziły swój sprzeciw i w 1802 r. ruinę rozebrano. Powstał tam tzw. Nowy Rynek i jedynie znajdowane podczas robót ziemnych fundamenty oraz ludzkie szkielety (z pochówków na cmentarzu przykościelnym i w kryptach) świadczyły o pierwotnej zabudowie placu. Dziś ów plac zwie się Kolegiackim.
