W końcowej fazie budowania w stylu gotyckim powstawały także bardziej okazałe świątynie miejskie (fary). Jedną z ważniejszych jest kościół św. Małgorzaty w Gostyniu – pochodzący z lat 1416-68, wykończony w 1 połowie XVI w.
Kolegiatę w Środzie Wielkopolskiej rozbudowano w końcu XV lub na początku XVI w. z wcześniejszej budowli. I ona ma trzy nawy, wydłużone prezbiterium oraz wysoką wieżę.
We Wrześni późniejsze przebudowy zmieniły charakter kościoła (m.in. obniżono nawy boczne pierwotnej świątyni halowej), nadal jednak zachował on bryłę budowli z połowy XV w.
Trójnawowy kościół halowy z 1 połowy XV w. ma także Tuczno.
Nieco wcześniejszą metryką cechuje się kościół zbudowany w należącym do arcybiskupów gnieźnieńskich Żninie. Powstał zapewne na początku XV w.
Kościół Bożego Ciała w Poznaniu, zbudowany dla karmelitów trzewiczkowych w latach 1406-70 poza obszarem ówczesnego miasta, to największa świątynia gotycka miasta. Mimo przebudowy w okresie baroku, zachowała gotycką bryłę i typowy dla kościołów klasztornych rzut oraz sklepienia gwiaździste w nawach bocznych.
Pod wpływem kolegiaty szamotulskiej w północnej i zachodniej części Wielkopolski znów zaczęto budować świątynie z prosto zamkniętą wschodnią ścianą prezbiterium (co było charakterystyczne dla kościołów wczesnogotyckich). Miały one też bogato dekorowane szczyty oraz podobnie rozwiązane sklepienia gwiaździste. Do dziś zachowały się – bardziej lub mniej przebudowane – takie kościoły w Chodzieży (z przełomu XV i XVI w.), Międzychodzie (z początku XVI w.), Międzyrzeczu (z ok. 1500 r.), Wągrowcu (1 połowa XVI w.) i Wronkach (po 1515 r.).
Szczególne miejsce zajmuje w tej grupie świątyń kościół Narodzenia NMP z 1499 r. w Kamionnej (powiat międzychodzki), cechujący się wpływami architektury meklemburskiej.
Wspomnieć trzeba także o trójnawowych kościołach z 1 połowy XVI w. w północno-wschodniej części regionu, o analogicznych rozwiązaniach: w Łeknie (powiat wągrowiecki) i Rogoźnie. Pewne elementy z nich zostały powtórzone w kościele parafialnym w Kcyni, jednonawowym, który został wzniesiony w 1631 r. jako ostatnia świątynia gotycka w Wielkopolsce.
W budowlach sakralnych na terenie wschodniej Wielkopolski dopatrzyć się można wpływów gotyku z Pomorza Wschodniego czy nawet zależności od form krzyżackich, które mogły tu zawędrować poprzez Kujawy albo Mazowsze. Są to m.in. kościoły w Gębicach w powiecie mogileńskim (z początku XVI w.), Kazimierzu Biskupim (przebudowany ok. 1512 r.), Kleczewie (prezbiterium z 2 połowy XIV w., nawy z początku XVI w.), Kole (z XIV/XV w), Kwieciszewie w powiecie mogileńskim (1522 r.) i fara w Mogilnie (ok. 1511 r.). Do tego kręgu powiązań artystycznych historycy sztuki zaliczają także położony nieco dalej, bo koło Poznania, kościół parafialny w Kostrzynie (1 połowa XVI w.). Charakteryzują je ozdobne szczyty i bogato dekorowane sklepienia gwiaździste. W prezbiterium kościoła w Koninie (z 2 połowy XIV w, nawy dostawiono w XV w.) i nawach bocznych przebudowanego wówczas kościoła klasztornego w Mogilnie zastosowano rzadko występujące sklepienia kryształowe – są to jedyne w Wielkopolsce przykłady takiego sklepienia.
W omawianym okresie powstały także klasztory cysterskie w Gościkowie, Lądzie, Obrze, Ołoboku, Owińskach i Przemęcie, a także świątynie bernardyńskie z 2 połowy XV i początku XVI w. w Gołańczy, Kazimierzu Biskupim, Kobylinie, Kole i Poznaniu (być może dzieła tego samego zakonnego warsztatu budowlanego).
